猪痢疾的致病机理不同于产毒素大肠杆菌或沙门菌引起的腹泻，而是由于猪结肠和盲肠里的各种厌氧菌和厌氧性的猪痢疾短螺旋体一起协同作用，促进了短螺旋体与盲肠和结肠的上皮细胞紧密相连。它能产生溶血素，由于溶血素、内毒素（诱生促炎细胞因子，使结肠发生增生性病变）和脂寡糖（脂多糖的一种半粗糙形式）等毒力因子的共同作用，导致肠黏膜变性、发炎，黏膜上皮细胞过度分泌黏液，以及黏膜层表面点状出血。