化很少有特异病变，大体病变包括死亡仔猪脱水干瘦、皮肤皱缩、肛门裂开且周围粘有黄色粪便。显著的变化是胃肠道黏膜上皮的变性和坏死。胃膨胀，胃内充满酸臭的凝乳块，胃底部黏膜潮红，部分病例有出血斑块，表面有多量黏液覆盖。小肠尤其是十二指肠扩张，肠壁变薄，充血水肿，肠腔内充满腥臭的黄色、黄白色稀薄内容物，有时混有血液、凝乳块和气泡，其他肠段也出现气体，黏膜上皮脱落，绒毛袒露，肠系膜淋巴结肿大、充血，切面多汁。在并发休克的ETEC感染时，其特征性病变是小肠壁和胃壁显著充血及血性肠内容物。