猪发生球虫病主要是由于接触分娩舍地板、器具上残留的球虫卵囊而感染，母猪粪便中的卵囊也可能引起仔猪发病。潮湿有利于球虫的发育和生存，故多发生于潮湿多雨季节。特别是没有漏缝地板的分娩舍，猪球虫病的发病率相对较高。缺乏经验的兽医经常误诊为细菌性腹泻，因应用抗生素治疗无效而延误治疗时机，造成损失。