与猪传染性胃肠炎极为相似，猪感染流行性腹泻病毒后，病毒在小肠绒毛上皮细胞内复制繁殖并使其变性、坏死，绒毛长度显著萎缩变短并大量脱落，隐窝变浅，小肠内酶活性降低，其消化和吸收功能迅速被破坏，引起急性吸收不良综合征，不仅严重影响对水分的吸收，同时，未消化的乳糖存在于肠内造成渗透压升高，导致体液滞留甚至从机体组织内吸收体液，渗出剧烈增加，引起肠道内电解质和水积聚，肠蠕动加快，进而导致严重渗透性腹泻和脱水，脱水和代谢性酸中毒是病猪死亡的主要原因。