败血症性沙门菌病的诊断不能仅仅依靠临床症状，因为这些症状与其他病原引起的猪败血症症状（特别是猪丹毒丝菌、猪链球菌、猪放线杆菌引起的病症），以及由猪瘟和猪胸膜肺炎放线杆菌引起的死亡症状非常相似。肉眼所见的病变，如脾肿大、肝肿大、淋巴结病变、间质性肺炎及局灶性肝坏死等都是败血症性沙门菌病的诊断依据，但这些病变不可能在每个病例中都出现。大多数情况下，确诊需要从感染猪组织中分离出大量的沙门菌。鉴别诊断包括引起特定系统感染的病原，特别是引起败血症、肺炎、肝炎、脑炎和小肠结肠炎的病原。